La alianza de medios alternativos se divide en dos espacios decisorios e importantes, el primer espacio es la asamblea que se realiza en enero y en junio de cada año. La asamblea tiene como objetivo formular los planes semestrales de la alianza y se prestan como espacios de encuentro para la evaluación de los planes trazados en la asamblea. A la asamblea de AMA van todos los integrantes que quieran asistir de cada colectivo que hacen parte de la alianza.

El otro espacio importante de decisión es el comité de redacción, el cual define la línea editorial, aterriza los planes emanados de la asamblea, define los acompañamiento a la movilización y lleva a la práctica lo decidido en la asamblea. Este comité de redacción está compuesto por dos personas de cada colectivo que hacen parte de la AMA y de un representante de cada equipo de trabajo.